经过70多年的建设发展，特别是升本后13年的艰苦奋斗，学校科学研究不断取得新成就。“十二五”以来，学校坚持“转型、提升、发展”战略，明确了“育应用型人才，出应用型成果，建应用型大学”的发展目标，坚持“做河西文章，出特色成果，争同类一流”的科研工作方针，不断理顺科研工作管理体制和运行机制，加大科研投入，坚持科研工作服务人才培养、服务区域发展的工作思路，初步探索走出了一条产学研相互促进、紧密结合的科研创新之路。
1.科研平台建设
先后建成10个省级以上科学研究平台，建成24个校级科研创新团队、11个校级研究所，设立了7个科研实体机构。
2.科学研究及取得成果
以国家社科基金、国家自然基金项目为标志的高层次科研立项取得重大突破，文史艺术和农生化等学科的研究取得一系列高水平成果。近5年来，先后承担或完成国家自然科学基金和社会科学基金项目27项，工信部、科技部和教育部等项目16项，甘肃省科技计划及甘肃省社科规划项目64项，地厅级科研项目92项。出版著作和教材95部，发表论文2163篇，其中发表在SCI、SCIE来源期刊上的论文114篇，发表在 CSSCI来源期刊上的论文74篇，有54项成果分获甘肃省科技进步奖、社科成果奖等奖励。获国家发明专利7项，实用新型专利20项，外观设计专利15项。
3.学术影响力和服务社会能力
学校借力复旦提升发展，服务地方。先后举办14场有影响的区域发展高端学术会议，先后有29位院士和一大批全国知名学者来校指导学科专业建设，开展学术交流，为当地发展提出了重要的咨询意见。学校依托自身学科优势，主动服务地方，在基础教育、师资培养培训、农业科技推广、食用菌产业发展、微藻技术研发和设施农业技术服务等领域为社会做出了重要贡献，学校学术影响力和服务社会能力不断提升。
4.科研环境和条件建设
制定和实施《十二五学科建设和科研工作规划》、《河西学院推进产学研合作教育实施方案》、《河西学院科研创新团队建设与管理暂行办法》等科研管理制度。新出台《河西学院科学研究项目资助管理办法》、《河西学院加强重点实验室、工程中心和人文社科研究基地等科研平台建设的若干办法》，不断加大科研投入，加大课题申报和成果奖励力度。近5年学校科研经费累计投入达1497万元，科研经费总收入达到2200余万元，其中2014年达到901.29万元。